2014 年，英国科学家通过宏基因组辅助检测治愈了一位原因不明、反复发热、具有癫痫及脑积水症状的14岁男孩，拉开了宏基因组临床应用的帷幕。 这名患有严重联合免疫缺陷的14岁男童在4个月时间里三次到医疗机构就诊，发烧和头痛发展为脑积水和癫痫持续状态，导致昏迷。通过多种抗菌药物治疗仍然无法改善脑积水和癫痫状，包括脑活检在内的各种诊断都无法找到病因。研究者通过脑脊液（CSF）宏基因组测序检出圣地罗西钩端螺旋体序列，随后通过更换使用青霉素进行治疗，男童32天后痊愈出院。